使用 IGV 判断链特异性建库的方式

已经有一些工具可以根据已有测序数据推断测序文库的链特异性，比如 RseQC 。RseQC 从 FASTQ 文件中抽取少量的 reads 比对到参考基因组上，从而推断测序文库的链特异性。另外，你也可以自己抽取少量的 reads 然后使用不同的参数直接运行 HISAT2 比对，然后使用 HTSeq 计算 counts ，这样就能直接比较了。 1 分子生物学概念1.1 正链（forword strand）与反链（reverse strand）这组概念是相对的，它们指互补的两条核算链，至于谁是正链，谁是反链，人为决定。但就一个给定的参考基因组而言，研究者给出的那个链就是所谓的正链（forword），另一条链是反链（reverse）。 1.2 正义链（sense strand）与反义链（antisense stran..